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Shinji mejor adaptado a su nueva vida, comienza a concurrir a la escuela. Pronto se da cuenta de que esa niña piloto que conoció en NERV es su compañera de clase y que además se llama Rei Ayanami. Conoce también a dos compañeros, Kensuke Aida y Touji Suzuhara, quienes en un principio reniegan de Shinji, algo que a él no le afecta ya que está acostumbrado a la soledad. Aparece Shamshel, el cuarto ángel y Shinji debe hacerse cargo de sus obligaciones y salir a pelear. Todo se complica cuando se da cuenta que los dos chicos de su colegio no se ocultaron como el resto de la gente, y se encuentran cerca del área de combate expuestos al Ángel. Shinji los rescata y ofrece refugio en el interior del EVA, con el inicio de una amistad.